Владимир, добрый день. Я так поняла, что клиента все таки привлек менеджер, верно? Если так, то и платите обещанный ему процент, как и договаривались. Или я как то по другому вижу эту ситуацию?

В целом работа менеджера сводится к выставлению счета не на 1 000 евро, а на 560 000 евро

сомнительно, что идет 100% оплата проекта за 1 транш

сомнительно, что не будет проводиться, как min, внутренний конкурс именно торг по цене со строны СБ компании и прописанных регламентов

Клиента дали менеджеру, он нашел ЛПР, договорился на встречу. Встречи все проводил руководитель менеджера и генеральный директор, встреч было всего штук пять.

Это уже проектные продажи, т.е. участие принимает не только менеджер, но группа ЛПР. И не факт, что менеджер "двинет" сделку. Менеджер здесь может быть (в зависимости от звездного состава со стороны вашего клиента) в качестве связующего звена. 

Так что, творите систему мотивации на предмет проектных продаж, т.е. участия группы лиц + с учетом, отраженных выше, сомнений. 

какой товарный рынок?

срок или цикл сделки?

средний чек?

Автор поста видимо не появится и пост почистил поэтому там ничего не видно, но из его ответов и ответов уважаемых авторов участвующих в дискуссии видно, что в принципе все правы кто высказался в той или иной части.

Клиента дали менеджеру, он нашел ЛПР, договорился на встречу.
- кто дал клиента менеджеру, руководство или IT отдел? дали чтобы учился или он пробивной и поэтому дали именно ему клиента? или дали потому, что у него нет клиентов? или Руководство не в состоянии находить ЛПР клиентов?
Сотрудник не обучен искать я так вижу. Если условно (не видя основного поста) ему выплата "за поиск клиента и вывод ЛПР на встречу" - оплата неминуема должна быть как вы договорились, но и обучение сотрудник должен пройти в рамках компании как поисковик. Если выплата по факту заключения сделки, которую обязан согласно договора вести полностью менеджер от и до, то вряд ли это возможно на уровне обычного менеджера, когда противная сторона жаждет Руководство - другой уровень! И тут правильно говорят Николай Сибирев и Valenti  

  но... на будущее хотелось бы как то отразить в мотивации такие проекты, т.к. это явная дыра! А у нас такие проекты могут и повторяться..
Если у вас отдел продаж такой техники как писалось выше и задача менеджерского состава чисто холодный поиск клиента и назначение встречи - это работа менеджера по телефону, цена вопроса около 35 000р. в месяц куча отчетности и куча звонков режимных в течении дня. Проблема выеденного яйца не стоит.
Если менеджер не только ищет, но и проводит переговоры и заключает сделки это уже другое. Автор хочет исключить оплату ТАКИХ бонусов за то, что всю работу якобы сделал не менеджер, а они.
Тогда в договоре должно быть четко прописано три системы мотивации (оклад по умолчанию есть, продукт длинный):
а) когда сделку закрыл полностью менеджер (но это технически не возможно).
б) когда менеджер только назначил РЕЗУЛЬТАТИВНУЮ встречу (как в вашем случае).
в) когда менеджер назначил потенциально результативную встречу, но руководящий аппарат по разным причинам ее запорол (будем называть все своими именами, ведь менеджер назначил встречу. Ее также могли и вы назначить, но у автора видимо много дел).

Вы считаете справедливо платить такие бонусы
- смотря какие цели преследуют Авторы в лице Владимира и какая температура по больнице в целом.
Если вы снижаете издержки по з/п прописывайте новую подробную систему мотивации по проектным продажам (как правильно заметила Valenti) при этом выводы мотивации ни как не должны отразиться на снижение продаж.
Если вам жалко столько платить (не знаю сколько там но думаю адекватно) так не платите, но должны быть основания, если договор сырой и корявый вам придется выплатить.

 а может менеджер реально тупо не умеет искать? так обучите.

Руководитель подразделения (чтобы он там о себе не думал) является единственным человеком, который правильно обучит менеджера выполнять возложенные на менеджера задачи и даже часть своих делегирует если менеджер способный, с заделом на будущее.
 
Ладно если бы действительно клиента привлек сам менеджер, провел кучу переговоров и прилетели деньги на расчетный счет, еще можно было бы подумать....
- ну теперь понятно. вам правильно сказал Сергей Чернявский и остальные авторы. Вы молитесь на продавца, а он крутит вас как хочет, причем как я вижу даже "стесняется" или не очень опытный. Задайте совместно с менеджером четкие правила игры за вознаграждение + оклад, так как цикл длинный. И бед ровным счетом ни каких не будет.

Однако про переговоры "пять штук всего" - согласен, навыки переговорщика умеющего закрывать быстро продажи несравненно больше стоят поиска профильного клиента и ЛПР (но все же тандем), так как переговорщик лучше знает клиентов и их интересы изначально. Вопрос в том, есть ли у него (руководителя или ТОПа) время на поиск профклиента и выделение ЛПР, исходя из этого выстройте отдел продаж.  И очень вероятно надо понимать есть ли вообще возможности у ТОП искать и выделять ЛПР, вероятно это узкие специалисты по переговорам. В общем выстроить не сложно, проблемы тут вообще нет.
Это элементарно.

На продажнике проще писать надо, не путать людей:
1 задача:...
2 оплата... За договор
3 договор % с продаж клиента
4 консультация...
Чем длиньше список, тем надежней охрана системы сбыта, самое ценное.
И вообще на продажнике, руководители клуба, даавно ввели правила для сватов, всех мастей, пусть регистрируют в клубе условия сотрудничества для участников клуба, с условиями, достойными, этого заведения. я думаю двойная пайка должна быть прописанна, тогда у сватов будут результаты, а профессионалы заработают. Руководители клуба проконтролируют, чтобы в него не попали, компании отвлекающие, своими банерами и лозунгами. На голый крючок удить на продажнике!!!!