Добрый день! Навскидку я бы высказался так. 

Во-первых, это структурирование нужно только Вам лично, и Вам, как РОПу и отделу? Или все же, директор требует, в числе прочего, навести порядок? Если Вам - то читайте ниже. Если "для всех", Вам сначала нужно с бухгалтерией пообщаться. А то нехило так огребете. И от них, и от босса, в конечном итоге. Я так понимаю, что все структурирование должно произойти в какой-то общей системе, например, "1С". Еще этот вопрос наводит на мысль, что наведение порядка, зачастую это правильное наименование в той же "1С": вот есть Клиент, а есть ЕГО же три-четыре юридических лица. И все это должно как-то "подсказываться" менеджерам.

Во-вторых, если это нужно только "продажникам", то Вам нужно определиться с целеполаганием.

1. Величина оборота по Клиенту. Это нужно для того, чтобы выделить главное, и бросать на него все усилия. 

2. Величина оборота по Клиенту. Это нужно для того, чтобы менеджерам разделить честно их Клиентов и их доход.

3. Территориальное размещение Клиентов (если оно влияет как-то на предприятие). Этому менеджеру - этот регион, а этому - этот. Там и часовые пояса могут проявиться. 

В этом случае я бы начал с менеджеров. Создал бы типовую "шапку" для начала в экселе, а с каждого бы потребовал всех Клиентов туда сложить. По одному образу и подобию. Возможно, после наполнения и фиксации, кого-то перераспределил. 

В общем, я бы сделал так, чтобы Клиентская база, как бы плохо (со стороны) она ни была организована, но ее существование и передача в работу не зависело бы от прихода-ухода конкретного менеджера. 

В-третьих. Пришел на ум пример. Мне довелось участвовать, не очень давно, в отделе продаж кабельного завода. Там менеджеров 8, из них 2 это те, кто работают по отличной от остальных схеме - по тендерам. Это я к тому, что Вам нужно осмыслить свою кашу, и выделить 1-2-3 менеджеров (а может и никого не выделять, просто добавить каждому, но по отдельному критерию) на работу с компаниями "по другим схемам закупок". 

По предварительному итогу: сортируете всех по ИНН; к "главному" ИНН присоединяете "это их же другое юрлицо"; распиливаете поляну менеджерам. 

Еще. Большей частью я по малому бизнесу. Ну, а в малом известно какая котовасия со всеми этими базами. В общем, для начала я бы с бухгалтерией сначала сверился, так ли адекватно занесены Клиенты в систему учета? Как их видит менеджер по продажам, и как их видит бухгалтер. 

Вот Поставщик (производитель) продуктов питания (это типа как у Вас контора). Менеджеры по продажам то есть, то нет, РОПа вообще толком не было никогда. Зато есть 2 оператора и над ними диспетчер. Короче - на входящих звонках. Они - люди настолько подневольные, что как главбух скажет, так все и делают. И вот появляется Клиент, бухгалтерия (!) заносит его в базу. По логике вещей, бухгалтер - это буквоед. Но в реальности - он буквоед в копейках НДСа, а не в занесении контрагента. Поэтому операторы стоят перед фактом: вот это в "1С" - это такой-то; а вот это - такой-то. Еще сарказничают над ними, мол, учите матчасть. Мол, У НАС ВОТ ТАК! Контакты? Дак сами ищите, Вы ж операторы! Мы ж только деньги отслеживаем. Прихожу я, как РОП, и выясняю.

Вот Клиент этого Поставщика - ИП Иванов. Его не только на предприятии, его во всем городке именно так и знают. Также все знают, что у него три магазина, соответственно в обиходе: 1 - "Ваня-большой", 2 - "Ваня-маленький", 3 - "Ваня на ул. Ленина". А в системе этот контрагент занесен буквально: "ИП Иванов 1", "ИП Иванов 2", "ИП Иванов 3". Но когда звонят по заявке, представляются-то как с улицы такой-то. И вижу, что в "1С"-то как раз и нет ни телефонов, ни улиц! Я к бухгалтеру. Та - как бронепоезд: любое изменение с моего разрешения и только мной лично; а телефоны мне не обязательны, это Вы у себя в операторской ведите, как хотите! Я к боссу. С предложением. Мол, за две недели обобщу, выгружу, как сейчас есть, ручкой допишу, что и как изменить, Вы утверждаете, даете главбуху задачу исправить. Ок? Ок! Сделал: "ИП Иванов ул. Стаханова", "ИП Иванов ул. Горького", "ИП Иванов ул. Ленина". Оно и в системе стало сразу подгружаться одно возле другого. А раньше знаете почему не подгружалось рядом? Потому что было как попало: "Иванов _ 1", "Иванов2", "Иванов 3". Вот только после этого стало возможным и менеджеров учить как работать правильно, и с них требовать что-то. 

Там, к слову сказать, я был вообще недолго. Когда дошел до босса с вопросом, мол, давайте номенклатуру подправим, как она звучит в оригинале, в сертификате качества? Он-то сказал "да", только тут же ускользнул, мол, чтобы бухгалтерия не злилась. Ну это был первый шажок к моему уходу. Как мне вести переговоры с "Магнитом" и "Пятёрочкой", если при выгрузке некоей номенклатуры мне приходилось лезть в архив (бумажный) или мучать нач.производства и переписывать все с оригинального документа? Не отправишь же ту х..ню, что бухгалтера назаносили.

В общем, "пробивать" всё предприятие, в том числе еще и его собственника, для наведения порядка, чтобы остаться врагом для всех, такое себе удовольствие. Накиньте себе все же, что операторы, будучи под моим руководством, будут вынуждены переучивать и как Клиенты называются, и номенклатуру продукции. За порядок Вас полюбят только новые. Но они придут, когда уже Вы уйдете, се-ля-ви.... И за порядок они будут с благодарностью смотреть на директора. 

Так что, определитесь с целеполаганием. Ваш ход. 

Чаще всего сегментацию делают в двух разрезах: что имеем сегодня и каковы перспективы.

В первом случае за основу берется существующий объем продаж (главный критерий), дополнительно можно рассматривать частоту заказов, регулярность заказов, отклонение от среднего по сумме, разнообразие ассортимента и т.д. В результате получается ранжированный список, где на первых местах клиенты, дающие наибольший оборот и со стабильной регулярностью, на последних местах - которые берут мало и непредсказуемо. С первыми, соответственно, работать хорошо и можно все прогнозировать, с последними - сплошной геморрой. Соответственно и отношения и программы лояльности надо выстраивать, исходя их полученного рейтинга.

Во втором случае оцениваются перспективы. Ну, типа, стоит ли делать инвестиции в развитие этих клиентов. Делается портрет так называемого "идеального клиента" по разным параметрам: оборот, количество работающих, отрасль, география, склонность к инновациям, возможности для привлечения инвестирования и т.д. Смотрят насколько важен тот или иной параметр и оценивают клиента в цифровом виде. В результате появляется также ранжированный список, становится понятно стоит вкладываться в этого клиента или нет.

Бывает, что жирный клиент в настоящем имеет перспективы "так себе" и наоборот, тот, кто сегодня ничего не берет, может при определенных условиях завтра стать одним из ведущих клиентов. А бывает и так, что перспективные - это те, кто и сегодня много покупают.

Таков общий алгоритм, но есть еще масса деталей.