Вопрос раскрыт не очень. Комментирую исходя из того, что есть. 

Во-первых (эт я как завсегда!), мне видится, что Ваша проблема - следствие организации бизнеса, а не причина проблем с Клиентом. Поясняю. Вы (Ваши боссы) пытаетесь сделать крайним оператора. Дескать, он за компом сидит, все видит. Но Вы же сами говорите: разная стоимость в филиалах "просто потому что они разные"; "акция закончилась"!!! Оператор видит, да! А видит ли все это Ваш филиал?? Клиент ногами-то приходит в филиал!!! Услышал по радио, увидел на сайте и пошел! Мой опыт управления говорит как раз о том, что правда - у оператора. Который очень-очень близок к боссу (так или иначе). А вот филиалы - кто во что горазд лепят! Ну и веду я все не к тому, кого в итоге штрафовать. А к тому, что босс в голове своей пусть порядок наведет, а не штрафами занимается. А может он-то, как раз, и наводит среди вас порядок, а Вы ищите помощи здесь, не знаю. Штраф - мера очень-очень эффективная. Но, с точки зрения управления - весьма крайняя. Штрафуют чаще те, кто не умеют управлять. Читай - выстраивать бизнес-процессы. 

Во-вторых. "Что делать?" Пока Вы сообщаете логику, что ценники - правда, а оператор - тупит и косячит по тупости. Я думаю, Вам нужно проследить всю причинно-следственную связь в ценниках. От босса, комдира, и НОПа, до филиалов, по пути выяснив, когда и как получают информацию операторы. Коллега правильно рекомендует книги про спецслужбы. 

И кстати (в-третьих), Вы говорите, что оператор обманывает "ЕСТЕСТВЕННО, НЕ СО ЗЛЫМ УМЫСЛОМ". Это что? Он на экране видит неправильные цены? Поправьте у себя в конторе коллективный разум для начала тогда. А если он видит все правильно, но ленится вообще и обманывает в частности - решайте с его мотивацией. В прошлой жизни у меня была супруга, сотрудник "кол-центра" одного из лидеров сотовой связи. Их учили на старте месяца два. Потом НОП этой стаи в 25 (это в день одновременно работающих в зале) человек, весь день слушает их и онлайн, и "перепрослушивает" иногда в записи. Если разговор затягивается, например. У меня был разок к ней вопросик, подобный Вашему, ответ таков: система такая, что обмануть по цене не получится. Там и камеры наблюдения потом пошли: свободно можно уличить, что видела на экране "300", а в трубку сказала: "От***и у тракториста!" Но это что за оператор тогда??? За процесс обучения что, не выяснили о его речевых и умственных способностях ничего?

Четвертое. Опыт из п. 3. Оператор может быть оштрафован (не, снижена премиально-бонусная часть) за бестактность, грубость, и все в таком духе. Какой резон оператору (человек сидит, целый день слушает дурдом "У меня 1,5 рубля списали, а я не могу позвонить, а какаю сижу!!!! аааа!!! ... (Это достоверная история)... слушает-отвечает, работает, короче), который зарабатывает себе на хлеб насущный, обманывать Клиента?  

Предварительный вывод: не скоординирован Ваш оператор (читай - сайт) с ценниками на витринах. Пусть босс пораскинет мозгами.

Алла, а Вы сами пробовали в "кол-центре" провести денек не отходя от гарнитуры? Ладно, 12, но хотя бы 8 часов?

И вот, к концу дня, звонит Клиент-заноза, типа меня (я когда звоню, почти всегда спрашиваю добавочный номер, а если критично по деньгам, записываю имя оператора и время звонка), и говорит: Вы сказали, что лекарство стоит 1500р, а оно на полке лежит за 2000 и кассир подтверждает? Вы такая: ой, сорян, ошибочка! Я опять такой, соедините с руководителем, блэт! Соединяете. А я говорю, мол, босс, привет! Я, кароч, оплачу 1500р, остальное вот с этой дамы сними там сам. Ну и оштрафуй, если она тебе кровь сворачивает уже не первый раз....

Аплодируйте, настало смеяние!  

Итак, если выводов не сделали по бизнесу, а ждем решения просто по вопросу, то вот что я думаю:

КЛИЕНТ ДОЛЖЕН ОПЛАТИТЬ СУММУ, УКАЗАННУЮ НА ЦЕННИКЕ. Ибо это вопрос ценнообразования (удерживания бизнеса на плаву), а не обмана оператора. Через оператора (и его ошибки) нельзя разбрасываться скидками. И встречный вопрос, раз Вы заявили, что "оператор не со зла": а если оператор назвал правильно, как на сайте (2500р), а в филиале на ценнике 1500 и продано? Тут гадать не надо даже: смена закончится и в кассу внесет недостачу продавец-кассир, либо управляющий аптекой. Дак дайте оператору премию - он же на**ал Клиента в пользу Компании!!! Вывод-то таков: если не отлажено, то, следуя Вашей логике штрафов, всегда будет крайний, на одних штрафах можно жить. Так, в общем-то, в нашем государстве в верхах и делается. 

На то, что оператор неправильно информирует, найдите причины и устраняйте их, отлаживайте бизнес-процессы. Это вопрос к руководству.

Штраф должен получить технический директор (или на кого возложены обязанности по должности), за то, что какого-то-*ера появляется разница между ценами на сайте, в филиалах, и т.п. А можете еще пристегнуть сисадмина: он должен отслеживать и на сайте давать подсказку оператору, чтобы, когда звонит Клиент и спрашивает, сказать ему - пойдешь в Северный филиал, дороже будет на 100р; пойдешь в Южный, будет дороже на 299р, езжай в соседний город, там все по 50. Ну, Вы поняли...  И да, это тоже рычаг: отправляйте всех туда, где оборот и без того маленький... 

Последнее. Раз уж так хочется наказать оператора. А какова система их подготовки? Ну, скрипты там, рабочее место... Разрешенный уровень и количество допустимых ошибок? И что с этим делать... Я с операторами сталкивался непосредственно - воздушную границу защищал. И цена ошибки оператора в цифре была посерьезнее, чем цена на ваш "корвалол"... И цифр - в разы и на порядок больше. И ведь учили (и неплохо учили) ребят, которые по-русски не все правильно говорят (точнее - не все говорят). Если оператора никто не проверяет, не учит, не проверяет снова, если ошибка по ценнику докатывается до Клиента - то сжечь надо бордель, а не менять в нем проституток. 

С уважением к Алле, и всем коллегам!